De la collecte des données de fluorescence

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Profil génétique

Les fluorescences émises par les fragments d'ADN (échantillons à analyser, allèles de référence ou marqueur standard interne de taille) au niveau de la fenêtre de détection subissent une séparation spectrale et sont converties en signaux électriques, eux-mêmes transformés en information numérique exploitable par divers logiciels. Leur traitement conduit à l'affichage de pics, correspondant chacun à un ensemble de fragments d'ADN de même taille. Chaque pic est caractérisé en abcisse par sa position (qui dépend de la vitesse de migration donc de la taille) et en ordonnée par l'intensité relative de la fluorescence initiale. Ici 4 fluorophores sont utilisés, ils sont excités par le laser à argon ionisé et émettent chacun dans des domaines différents du visible (bleu, vert, jaune et rouge). Il est indispensable de pouvoir distinguer par une fluorescence caractéristique, des fragments de taille très proche ou identique correspondant à des amplicons de STRs différents.
Dans le kit Profiler plus (Proméga), 9 STRs sont analysés. La nomenclature de ces marqueurs est basée sur le principe suivant : quand le locus est localisé dans un intron de gène, le STR prend le nom du gène, quand il est situé dans l'ADN intermédiaire, on nomme D (pour DNA), le numéro du chromosome, S (pour séquence simple copie) puis un nombre correspondant à l'ordre dans lequel il fut découvert.
Ex FGA : dans un intron du gène qui code la protéine FibrinoGen Alpha chain. (chr 4)
D3S1358 : dans l'ADN intermédiaire (entre les gènes) du chromosome 3....
Le marqueur du sexe AMEL est très souvent analysé. Ce n'est pas un STR. Il se situe dans le premier intron du gène qui code la protéine Amélogénine. Ce gène est présent sur X et sur Y, mais au locus du marqueur il y a une délétion de 6 pbs sur X. Ainsi quand on amplifie AMEL avec un jeu d'amorces bien choisies, on obtient un seul pic pour AMELX si l'ADN est fourni par une femme et 2 pics distintcs (pour AMELX et AMELY) si l'ADN est fourni par un homme.

L'image montre les pics correspondant aux allèles de référence (allelic ladder) de chacun des loci sélectionnés, marqués ici par un fluorophore qui émet dans le vert, dans le bleu ou dans le jaune. Les fragments d'ADN du marqueur standard interne de taille sont marqués avec un fluorophore qui émet dans le rouge et servent à résoudre en taille les pics des allèles de référence qui sont eux-mêmes convertis en variants d'un locus donné affichés en nombre de motif répétés.
L'image ci-dessous montre les pics correspondant à l'électrophorégramme d'un échantillon qui a été testé.
Pour identifier les allèles de chaque marqueur et établir le génotype de la personne qui a fourni l'échantillon, on compare les pics à analyser avec ceux de l'échelle des allèles de référence. Pour procéder à cette comparaison, survolez l'image supérieure avec la souris.
Les pics recolorés en orange (traitement informatique) de l'échantillon sont bien callés sur ceux de l'échelle allélique, le génotype peut être déterminé pour l'ensemble des marqueurs. Pour l'obtenir, survolez l'image inférieure avec la souris.